La construction de Lilypad durerait au total 80 ans. Cette construction est repartie en quatre grandes étapes s'effectuant chacune en une vingtaine d'année.

La première étape de la construction de l'île est la création de la plateforme qui mesure 500 mètres de diamètre. Cette partie est réalisée sur la terre ferme, la structure est ensuite acheminée près du lieu où elle sera utilisée.

La plateforme mis en place, les ouvriers érigeront d'immenses mats dentés, piqués dans le plancher comme des « cure-dent dans des fromages ». Ces poteaux serviront ensuite à soutenir les appartements qui seront construits. Aux pieds de ces poteaux auront été placés d'immenses quantités de terre. Des jardiniers pourront ensuite ensemencer ces terres d'une très grande variété d'espèces végétales. Au fils des ans, de mini-forêts vont se développer delà à faire naître par la suite trois grands espaces verts bien distincts les uns des autres. Ils formeront des « montagnes » de l'île. Elles pourront surement par la suite, en plus d'accueillir une flore riche et variée, faire naître une faune.

Pendant ce temps, un bassin central aura récupéré au fil des intempéries, une grande quantité d'eau. Ce lagon deviendra le château d'eau de Lilypad. Les eaux de pluies seront ensuite filtrées et distribuée à l'ensemble des habitants de l'île.

A ce stade, les travaux auront déjà commencés depuis une quarantaine d'année.

Une fois les montagnes érigées, une gigantesque ombrelle sera mise en place afin de recouvrir la plateforme entière. Elle a la forme de la feuille de nénuphar dont s'est inspiré Vincent Callebaut pour créer Lilypad, le nénuphar géant d'Amazonie Victoria Regia agrandie 250 fois. Cet immense toit aura une fonction double : d'une part, il servira à accueillir les habitations et d'autre part, les nervures étant creuses elles serviront de galeries de circulation, il assurera un déplacement rapide à l'intérieur de l'île. Cette partie est très importante car elle est la structure des installations de Lilypad, « tout reposera sur son dos ».

Nénuphar géant d'Amazonie de l'espèce Victoria Regia